自然、食、産業遺産など、ジャンルを問わず、現在52件の北海道遺産が選定されている

北海道遺産構想については、1997年（平成9年）4月、北海道知事（当時）が「北の世界遺産構想」を提唱して以来、道庁内にプロジェクトチームや民間有識者による委員会が設置され、構想の具体化に向けた検討や遺産候補の掘り起こしキャンペーン、構想をPRするためのフォーラムなどを実施しました。そして、平成13年に北海道遺産構想を中心的に担う民間組織として「北海道遺産構想推進協議会」が設立されました。
以来、協議会では、北海道遺産の選定、北海道遺産構想の普及・啓発、地域が行う保全・活用の取り組みへの支援などの事業を行ってきました。2001年（平成13年）10月に第1回の北海道遺産を決定・公表し、平成14年度はPRのための様々な事業を行ってきました。そして、平成15年6月から第2回目の北海道遺産の選定を開始し、2004（平成16）年10月に第2回選定分27件が決定・公表されました。
2006（平成18）年度～2008（平成20）年度は「発展・拡大」期と位置づけ、「北海道遺産の物語を伝える」「構想の趣旨を全道へ普及する」「協議会の自立へ向けた展開」の3つのテーマを柱に事業を展開しました。平成18年度からは「地域の宝物を発掘し、それを保全・活用することで地域づくりや人づくり、地域経済の活性化につなげていく」という北海道遺産構想の趣旨を改めて全道へ普及することを目的として「ほっかいどうムラの宝物さがしプロジェクト」がスタートしました。
2008年（平成20年）12月にＮＰＯ法人格を取得、2009年（平成21年）4月から「特定非営利活動法人北海道遺産協議会」として新たな体制で活動を行っています。